Xcode を 4.6.2 にアップデートした後に、今までビルド出来ていたプロジェクトが出来なくなりました。次のようなエラーでした。

error: PCH file built from a different branch ((clang-425.0.27)) than the compiler ((clang-425.0.28))

対処法として、プロジェクトを一度 Clean（command + shift + K）をした後にビルドしたら、無事に出来ました。Xcode のバージョンアップに因るものみたいですね。